怀孕期间是否能要求发放基础工资？

根据您提供的情况，您和合伙人各持有美甲店50%的股份，并实行工资和季度分红制度。现在由于您的怀孕和店铺的亏损状态，您关心是否可以要求发放基础工资。合伙经营中，双方的权利和义务应基于合伙协议来判定。首先，如果合伙协议中有关于怀孕等特殊情况的相应条款，如为合伙人提供基础工资或生育假期津贴等，则应按照协议执行。

如果合伙协议未覆盖此类特殊情况，则需要双方协商解决。依据合伙人的地位和协议精神，通常情况下，如果店铺亏损，合伙人是无法获得分红的；同时，如果合伙协议中规定了工资，则应继续支付基础工资，除非合伙协议另有规定。考虑到您因怀孕无法工作，这属于不可抗力情况，您可以与合伙人商讨调整合伙协议，合理安排待遇。

至于您的第二个问题，如果店铺盈利而您的合伙人因怀孕无法工作，依据公平原则和之前的处理方式，您也应该给予她合理的分红或者其他形式的补偿，除非合伙协议有特别的约定。这样既符合法律规定，也体现了合伙经营的公平性和持续性。

建议您和合伙人重新审视合伙协议，并尽可能详细规定包括怀孕在内的各种可能情况，以预防未来可能出现的类似纠纷。