设备抵押时付款比例未全额怎么办？

根据您提供的情况，您已收货的设备付款比例为50%，可以办理抵押。但抵押权人的权利可能存在瑕疵，需谨慎处理。

根据《中华人民共和国物权法》相关规定，您作为设备的所有权人，有权将设备进行抵押。但由于您仅支付了50%的货款，设备的所有权可能并不完整，这可能会影响抵押权的设立和实现。

在办理抵押时，您需要确保以下几点：
1. 与卖方确认设备的所有权归属，确保您有权进行抵押。
2. 在抵押合同中明确约定抵押权的范围和限制，避免因所有权瑕疵导致抵押权无法实现。
3. 抵押权人应进行尽职调查，核实设备的所有权状况和抵押权的合法性。

如果抵押权人的权利存在瑕疵，可能会影响其在设备被处置时的优先受偿权。因此，建议您在办理抵押前，咨询专业法律人士，确保抵押权的合法性和有效性。