如何处理长期分居且对方不配合的离婚案？

根据您提供的情况，由于您和配偶已经分开居住超过五年，并存在长期失联的状态，依据我国《婚姻法》的规定，您完全有权单方面向法院提起离婚诉讼。长时间的分居已经构成离婚的法定条件之一，法院通常会予以支持您的离婚请求。关于您手里只有身份证的情况，虽然不利于收集证据，但并不妨碍您提起诉讼。法院会通过司法途径要求对方提供相关材料，或者采取其他证明手段。

您需要准备离婚起诉状并向法院提供您的结婚证书复印件（如果男方不配合提供原件，法院可在审理过程中要求男方提交），以及能证明您俩分居超过五年的相关证据，如证人证言、社区或居委会的证明等。对于户籍迁移的问题，一旦离婚判决生效，您可以根据判决书到户籍所在地的公安局户籍科进行户籍变更。

建议您尽快联系当地法院，了解具体的起诉程序和需要准备的材料，积极推进离婚进程以维护您的合法权益。