如何追回被克扣的工资和未发放的补贴？

根据您提供的情况，您作为外卖员遭遇工资被克扣的问题是可以依法争取权益的。首先，根据《中华人民共和国劳动法》规定，任何单位不得无故扣减劳动者的工资。既然您已与雇主签署了劳动合同而合同中未明示有关扣款的条款，雇主的行为便属于违约。建议您首先向杭州余杭区劳动监察大队进行投诉并附上相关证据，如工资条、银行流水等。

如果劳动监察部门未能妥善解决此事，您可以考虑向人民法院提交劳动仲裁申请，要求补发被扣的工资及未发放的补贴。劳动仲裁是处理此类劳动争议的有效途径，通常情况下，仲裁结果具有法律效力且执行力强。

请您务必保留所有与雇主沟通的记录以及任何可能证明您诉求正当性的证据，这些将是仲裁或法庭上支持您立场的关键。关注仲裁申请的时间限制并及时采取行动，这对保障您的权益至关重要。

最后，根据法律，雇主无权擅自变更或设置与劳动合同相悖的扣款项目。所以，您完全有权要求清算并获得应得的报酬。祝您维权顺利！