怎么办将儿子因证件问题误付费用追回?

根据您提供的情况，处理证件错误导致的退费问题，首先需要验证该培训机构的责任分配。在中国大陆，消费者权益保护法为此类情况提供了明确的指导。首先，确认是否因为培训机构的错误而导致证件办理错误，并收集相关证据（如通信记录、协议书等）。如果确实是培训机构的责任，根据《消费者权益保护法》第二十四条规定，消费者可以要求退还已支付的费用。

在此情况下，建议您向该培训机构正式提出退款要求，如果对方不予理睬，您可以考虑向当地市场监督管理局或消费者权益保护协会投诉。同时，准备好相关证据，以备不时之需可选择法律途径解决问题。在进行法律行动前，可以通过律师函的方式加大追讨压力。

整个过程中，保持通讯记录和所有交易文件的原件复印件，以便在需要时提供充足的佐证。这类退费纠纷虽然金额不大，但正确的处理方式可以帮您节约更多时间和潜在开销。