如何处理不是工伤期间被错误认定自动离职的情况？

针对您咨询的劳动纠纷问题，首先需要明确您的病假属于合法请假。根据您提供的情况，如果您持续通过微信向单位进行请假并得到承认，即使中间两周在诊所接受治疗而未复查，也不应被视为无故旷工。

按照《中华人民共和国劳动合同法》相关规定，雇主无权在员工请病假期间单方面认定员工为自动离职。雇主若要解除劳动合同，需提供相应的合法理由，并依法进行劳动合同解除。由于您提供了病假证明，并与单位保持了沟通，单位的做法很可能违反了法律规定。

您可以要求单位按照非法解雇处理，根据《劳动合同法》第四十七条规定，如果没能依法说明解除劳动合同的原因，您有权要求赔偿金。此外，因为解除发生在您生病期间，这增加了解除劳动合同的不合理性，增强了您请求赔偿的合法性。

建议收集所有相关证据，包括病假证明、与单位的通信记录等，并及时与当地劳动监察大队联系，寻求法律援助或通过仲裁解决该纠纷。