如何停止政府违规变更农用地的施工？

根据您提供的情况，遇到政府变更农用地问题，首先应确认变更的正当性和程序是否符合法律规定。中国土地管理法规定，任何土地用途的变更都需要经过合法的审批程序。您可以首先向当地土地管理局申请查阅相关变更文件，了解变更的合法性和具体情况。如果发现有违法违规之处，可以递交书面的意见反映，或者申请行政复议，甚至提起行政诉讼。

针对施工暂停的诉求，目前最有效的措施是向当地政府或者法院申请行政复议或者行政诉讼，并请求法院颁发临时行政停止令。同时，关注是否有环评过程中的疏漏，如环境影响评估不充分也可成为申诉的依据。

此外，您也可以联合周边受影响的居民一同进行法律行动，集体的力量更有可能引起相关部门的注意与重视。最重要的是保留所有与土地变更相关的证据，如通知书、施工现场照片等，为接下来的法律程序提供支持。