如何追回工资款项及确保社保权益正当处理？

根据您提供的情况，首先需要评估合同中的旷工扣罚是否合理。如果规章制度违法，此扣罚不成立。您应及时向劳动部门反映情况或通过仲裁要求工资补发，并要求单位补缴社会保险。劳动者享有按时获得全额劳动报酬的权利，任何单位的规章制度若违反法律规定均无法施行，您完全有权提出异议。

您可以起草一份详细的仲裁请求书，列明您的工作时间、旷工情况、合同条款以及单位的不当扣罚行为。此外，应收集工资发放的银行流水、劳动合同等相关证据，以支持您的诉求。处理此类劳动纠纷时，坚持法律规定，提供充分证据，是赢得案件的关键。

与此同时，建议监督单位是否有为您及时缴纳社保的义务，因为根据中国劳动法，用人单位有义务为雇员缴纳社保，不得因员工的个人原因影响此项权利的行使。不按劳动合同执行和违反劳动法的行为，您完全有权要求纠正或获得相应的补偿。