被公司克扣工资怎么办

根据您提供的情况，用人单位以未打卡为由克扣工资违反劳动法规定，您有权要求返还被扣工资并主张双倍工资赔偿。针对未缴纳社保问题，即使员工自愿放弃也属违法。

根据《劳动合同法》第三十条和第八十二条规定，用人单位应及时足额支付劳动报酬，未签订书面劳动合同需支付二倍工资。您的情况符合以下维权要点：

1. 克扣工资部分：用人单位以未打卡为由扣除540元工资缺乏法律依据。您可提供考勤记录、工作成果等证据证明实际在岗，要求全额返还。

2. 社保问题：员工自愿放弃社保的声明无效。用人单位应补缴社保费用，您可向社保稽核部门投诉要求补缴。

3. 劳动合同：虽存在劳务关系，但符合劳动关系特征的，仍可认定存在事实劳动关系。未签劳动合同可主张二倍工资差额。

建议您立即采取以下行动：
- 收集工资流水、工作记录等证据
- 向沙坪坝区劳动监察大队投诉
- 准备劳动仲裁申请材料
- 计算应得赔偿金额（含双倍工资）

劳动仲裁时效为一年，建议尽快启动法律程序维护权益。如需具体文书指导或赔偿计算，可进一步咨询。