工资分两部分发可以申请劳动仲裁赔偿吗

根据您提供的情况，您可以申请劳动仲裁要求赔偿。关键点在于证明与乙公司的劳动关系，工资流水是重要证据。

针对您咨询的劳动纠纷问题，现作出专业法律分析：

1. 仲裁主体资格
虽然您未与乙公司签订书面劳动合同，但根据《劳动合同法》第七条规定，只要存在实际用工关系即构成劳动关系。工资由乙公司发放、甲乙公司股东相同这两点，可以证明劳动关系的延续性。

2. 证据准备要点
(1)必须提供材料：
- 甲公司的劳动合同（证明初始劳动关系）
- 甲乙公司的工商登记信息（证明关联性）
- 工资银行流水（证明实际用工）
- 社保缴纳记录（如有）

(2)辅助证据：
- 工作邮件、考勤记录
- 工作成果文件
- 同事证人证言

3. 绩效工资主张
季度绩效工资可以一并主张，但需注意：
- 需提供绩效考核制度文件
- 准备已完成工作量的证明
- 仲裁时效从应发之日起算1年

4. 赔偿项目
您可以主张：
- 未签劳动合同的双倍工资（最多11个月）
- 拖欠的绩效工资
- 经济补偿金（如需解除劳动关系）

5. 特别提醒
建议在收集完证据后立即申请仲裁，注意1年的仲裁时效。新城区劳动仲裁委地址为西安市新城区尚德路115号。