如何保护合肥市肥西县农民工在合同争议中的权益？

根据您提供的情况，您所签署的入职协议中的条款要确保合法性和合理性。中国劳动法及相关法规对劳动者权益提供了严格保护，所有与劳动合同相关的费用扣除必须符合法律规定。首先，按照《中华人民共和国劳动合同法》，雇主不得在劳动者的工资中扣除任何未经劳动者同意的费用，除非这些费用有明确法律依据。其次，关于您提到的垫付的入职车费及招聘成本，若这一扣费规定没有得到您的事先同意或者明示在合同条款中且符合相关法律规定，这种扣费行为可能是不合法的。

进一步，您应当查明此类扣费是否有足够的法律支持及合理性。如您认为合同中此条款违背了您的权益，您有权要求调整或删除此不公平条款。此外，您还可以通过向当地劳动监察大队申诉，要求进行权益保护。

针对您咨询的劳动纠纷问题，建议您收集所有相关合同和协议文档，并在必要时寻求法律援助以保障自身权益不受侵害。您的权利和利益应该得到充分的法律保护。