被物流公司拖欠5000元运费怎么办？

根据您提供的情况，您有权依法追索被拖欠的运费。依据《保障农民工工资支付条例》，您可以向项目所在地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，这是最直接的维权途径。拖欠行为明确，证据收集是关键，建议立即行动以保障您的合法权益。

针对您咨询的劳动纠纷问题，具体分析如下：您与山东丰尔达物流有限公司之间存在明确的运输合同关系，其拖欠运费、过路费、油费合计5000元的行为已构成违约。虽然您没有银行流水，但已签署的合同、微信聊天记录、通话记录等均可作为证据。当前负责人失联，情况紧急，拖延可能导致追索困难。

您的核心诉求是追回5000元运费。根据中国《劳动合同法》及相关司法解释，追索劳动报酬适用特殊时效，您应及时维权。首选途径是携带合同、欠款凭证等材料，前往济南市历下区人力资源和社会保障局下属的劳动保障监察机构进行投诉举报，该部门有权责令用人单位支付。其次，可向历下区劳动争议仲裁委员会申请仲裁，这是诉讼前的必经程序。鉴于对方已失联，仲裁裁决后可向人民法院申请强制执行。

在此劳动纠纷中，证据的完整性至关重要。请务必系统整理所有相关材料，包括运输合同、记载欠款内容的微信截图或短信、试图联系对方的通话记录等。这些是支撑您主张的关键。行动越迅速，成功追回运费的可能性就越大，请勿因金额较小而忽视法律赋予您的权利。