如何处理因休假原因克扣的加班费问题？

根据您提供的情况，克扣加班费的行为可能违反了《劳动法》相关规定。首先，您需要确认加班时长与报酬是否按合同约定或法定标准执行。如果存在克扣情况，您可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求补发未付加班费及可能的赔偿。

您已签署的劳动合同和银行流水可作为克扣加班费的证据，这在提起仲裁时将极为重要。未发加班费的行为不仅违反了劳动合同，还可能触犯法律规定的支付工资的义务。建议尽快整理相关证据，包括工作时长记录、工资流水等，并准备相关证据提交给仲裁机构。

针对您咨询的劳动纠纷问题，应对策应迅速并确保证据的完整性。这将有助于您在仲裁或法律程序中获得有利判决。